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高通量测序数据公共数据库有哪些

发布时间:2019-10-03 18:11 来源:未知 编辑:admin

  NCBI:持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具,以及BLAST序列比对搜索工具,PUBMED文献数据库,Taxonomy数据,COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库,BLAST的单机程序,以及各种工具程序。

  EBI:和NCBI类似,欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具,比如多序列比对。

  Uniprot:全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分:SwissProt是人工校对过的,TrEMBL是自动校对的。

  Pfam:蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。

http://solutecnic.com/biaoshitonglu/869.html
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